Genetyka Baylora
HOUSTON, 25 kwietnia 2024 r. (GLOBE NEWSWIRE) — Diagnozowanie rzadkich zaburzeń mendlowskich jest zadaniem pracochłonnym, choćby dla doświadczonych genetyków. Badacze z Baylor College of Medicine starają się usprawnić ten proces, wykorzystując sztuczną inteligencję. Zespół opracował system uczenia maszynowego o nazwie AI-MARRVEL (AIM), który pomaga w ustalaniu priorytetów potencjalnie sprawczych wariantów zaburzeń mendlowskich. Badanie zostało opublikowane dzisiaj w NEJM AI.
Naukowcy z laboratorium diagnostyki klinicznej Baylor Genetics zauważyli, iż moduł AIM może przyczynić się do przewidywań niezależnych od wiedzy klinicznej na temat genu będącego przedmiotem zainteresowania, pomagając w odkryciu nowych mechanizmów chorobowych. „Wskaźnik rozpoznawania rzadkich chorób genetycznych wynosi tylko około 30%, a od pojawienia się objawów do postawienia diagnozy mija średnio sześć lat. Istnieje pilna potrzeba opracowania nowych podejść, które poprawiłyby szybkość i dokładność diagnozy” – stwierdził współautor do korespondencji, dr Pengfei Liu, profesor nadzwyczajny genetyki molekularnej i ludzkiej oraz zastępca dyrektora klinicznego w Baylor Genetics.
Szkolenie AIM odbywa się przy użyciu publicznej bazy danych znanych wariantów i analizy genetycznej zwanej Model organizm Aggregated Resources for Rare Variant ExpLoration (MARRVEL), opracowanej wcześniej przez zespół Baylor. W bazie MARRVEL znajduje się ponad 3,5 miliona wariantów spośród tysięcy zdiagnozowanych przypadków. Naukowcy dostarczają AIM dane dotyczące sekwencji egzomów i objawów pacjentów, a AIM udostępnia ranking najbardziej prawdopodobnych kandydatów na geny wywołujące rzadką chorobę.
Naukowcy porównali wyniki AIM z innymi algorytmami zastosowanymi w najnowszych dokumentach porównawczych. Przetestowali modele, korzystając z trzech kohort danych z ustalonymi diagnozami z Baylor Genetics, sieci niezdiagnozowanych chorób finansowanej przez Narodowy Instytut Zdrowia (UDN) oraz projektu Deciphering Developmental Disorders (DDD). AIM konsekwentnie plasowało zdiagnozowane geny na kandydatach nr 1 w dwukrotnie większej liczbie przypadków niż w przypadku wszystkich innych metod porównawczych wykorzystujących te rzeczywiste zbiory danych.
„Wyszkoliliśmy AIM, aby naśladował sposób, w jaki ludzie podejmują decyzje, a maszyna może to robić znacznie szybciej, wydajniej i niższym kosztem. Metoda ta skutecznie podwoiła wskaźnik trafnej diagnozy” – powiedział współautor do korespondencji, dr Zhandong Liu, profesor nadzwyczajny pediatrii i neurologii w Baylor i badacz w Instytucie Badań Neurologicznych im. Jana i Dana Duncanów (NRI) w Szpitalu Dziecięcym w Teksasie.
AIM daje także nową nadzieję w przypadkach chorób rzadkich, które od lat pozostają nierozwiązane. Co roku zgłaszane są setki nowych wariantów choroby, które mogą mieć najważniejsze znaczenie w rozwiązaniu tych przypadków przeziębienia; jednakże określenie, które przypadki wymagają ponownej analizy, jest trudne ze względu na dużą liczbę przypadków. Naukowcy przetestowali przeprowadzoną przez AIM ponowną analizę egzomu klinicznego na zbiorze danych dotyczących przypadków UDN i DDD i odkryli, iż udało jej się poprawnie zidentyfikować 57% możliwych do zdiagnozowania przypadków.
Historia trwa
„Możemy znacznie usprawnić proces ponownej analizy, wykorzystując AIM do zidentyfikowania zestawu przypadków o wysokim stopniu pewności, które można rozwiązać, i przekazując je do manualnego przeglądu” – powiedział Zhandong Liu. „Przewidujemy, iż to narzędzie może wykryć bezprecedensową liczbę przypadków, które wcześniej nie były uważane za możliwe do zdiagnozowania”.
Naukowcy przetestowali także potencjał AIM w zakresie odkrywania nowych kandydatów na geny, których nie powiązano z chorobą. AIM poprawnie przewidział dwa nowo zgłoszone geny chorobowe jako głównych kandydatów w dwóch przypadkach UDN.
„AIM to duży krok naprzód w wykorzystaniu sztucznej inteligencji do diagnozowania rzadkich chorób. Zawęża diagnostykę różnicową do kilku genów i może pomóc w odkryciu nieznanych wcześniej zaburzeń” – powiedział współautor do korespondencji, dr Hugo Bellen, profesor genetyki molekularnej i człowieka w Baylor oraz kierownik neurogenetyki w firmie Baylor. Duncana NRI.
„W połączeniu z głęboką wiedzą specjalistyczną naszych certyfikowanych dyrektorów laboratoriów klinicznych, starannie dobranymi zbiorami danych i skalowalną zautomatyzowaną technologią widzimy wpływ rozszerzonej inteligencji na zapewnianie kompleksowych informacji genetycznych na dużą skalę, choćby w przypadku najbardziej bezbronnych populacji pacjentów i złożonych schorzeń” – powiedział starszy autor dr Fan Xia, profesor nadzwyczajny genetyki molekularnej i ludzkiej w Baylor oraz wiceprezes ds. genomiki klinicznej w Baylor Genetics. „Dzięki zastosowaniu rzeczywistych danych szkoleniowych z kohorty Baylor Genetics bez żadnych kryteriów włączenia, badanie AIM wykazało wyjątkową dokładność. Celem Baylor Genetics jest opracowanie nowej generacji inteligencji diagnostycznej i wprowadzenie jej do praktyki klinicznej.
Inni autorzy tej pracy to Dongxue Mao, Chaozhong Liu, Linhua Wang, Rami AI-OURan, Cole Deisseroth, Sasidhar Pasupuleti, Seon Young Kim, Lucian Li, Jill A.Rosenfeld, Linyan Meng, Lindsay C. Burrage, Michael Wangler, Shinya Yamamoto, Michael Santana, Victor Perez, Priyank Shukla, Christine Eng, Brendan Lee i Bo Yuan. Są powiązani z jedną lub większą liczbą następujących instytucji: Baylor College of Medicine, Instytut Badań Neurologicznych Jana i Dana Duncanów w Szpitalu Dziecięcym w Teksasie, Uniwersytet Techniczny Al Hussein, Baylor Genetics i Centrum Sekwencjonowania Genomu Ludzkiego w Baylor.
Praca ta była wspierana przez Inicjatywę Chang Zuckerberg oraz Narodowy Instytut Chorób Neurologicznych i Udaru mózgu (3U2CNS132415). Pełną publikację przeczytasz tutaj.
O Baylor College of Medicine
Baylor College of Medicine (www.bcm.edu) w Houston jest uznawany za uniwersytet nauk o zdrowiu i jest znany z doskonałości w edukacji, badaniach i opiece nad pacjentem. Baylor to najwyżej oceniana szkoła medyczna, znajdująca się na liście 20t wśród wszystkich amerykańskich szkół medycznych otrzymujących fundusze od Narodowych Instytutów Zdrowia i nr 1 w Teksasie. Baylor, którego siedziba znajduje się w Texas Medical Center, jest powiązany z siedmioma szpitalami klinicznymi oraz jest współwłaścicielem i operatorem Baylor St. Luke’s Medical Center, będącego częścią St. Luke’s Health. w tej chwili Baylor zatrudnia ponad 3000 stażystów w dziedzinie medycyny, absolwentów, pielęgniarek anestezjologicznych, asystentów lekarzy, ortotyków i poradnictwa genetycznego, a także rezydentów i stypendystów ze stopniem doktora.
Kontakt PR
Molly Chiu
713-798-4710
[email protected]
O firmie Baylor Genetics
Baylor Genetics jest spółką joint venture HU Group Holdings, Inc. i Baylor College of Medicine, obejmującą numer 1 finansowany przez NIH Wydział Genetyki Molekularnej i Człowieka. Baylor Genetics, mieszcząca się w Texas Medical Center w Houston, obsługuje klientów w 50 stanach i 16 krajach.
Kontakt PR
Jordana Bouclina
Public Relations SVM
[email protected]
(401)490-9700
